随着中西医结合治疗疾病的普及，中西药搭配原则也应严格遵循。配伍不合理不仅影响疗效，而且会产生毒副作用，下列中药不宜与抗生素合用：
龙骨、珍珠、牡蛎、海螵蛸等含钙质，易与四环素类抗生素形成螯合物影响吸收，降低疗效。
血余炭、艾叶炭、煅瓦楞有强大吸附力，可减少抗生素在胃肠道的吸收。神曲、麦芽含有多种消化酶，某些抗生素使其活性受抑制，减弱其消食健胃功能。
石膏、赤石脂、滑石等含镁、铝、铁离子，若与四环素合用，会形成螯合物而降低疗效；玄胡、栀子、甘草等抑制胃酸分泌，影响四环素的吸收；四季青、黄药子可损害肝脏，与四环素合用，毒性作用增加；五味子、山楂、乌梅可酸化尿液，使碱性的四环素、红霉素疗效降低。
生姜、龙胆、萝芙木等促进胃酸分泌，使红霉素破坏增加；颠茄类中药抑制蠕动，延缓胃排空，红霉素在胃中停留时间延长，破坏增加；地榆、虎杖、石榴皮等所含鞣质可与红霉素结合，阻碍红霉素吸收；中药泻剂巴豆、黑白丑等可加速红霉素通过肠道，影响其吸收。 犀角、珍珠中所含蛋白质及其水解产物(多种氨基酸)，可抵抗黄连素的抑菌作用而降低疗效。茵陈对氯霉素的抗菌作用有拮抗作用，可降低氯霉素的疗效。
含有鞣质的中药，如五倍子、诃子、石榴皮、地榆、枣树皮、大黄等，与灰黄霉素、制霉菌素、林可霉素等同服时，可结合成鞣酸盐沉淀，不易被吸收。碱性中药硼砂与氨基酸糖甙类抗生素如链霉素、卡那霉素、庆大霉素、新霉素、妥布霉素同时服用，可增加毒副作用。硼砂与弱酸性呋喃旦啶、青霉素、先锋霉素同用时，可减少这些药物的再吸收，降低血药浓度。
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